De eerste vermelding van een synagoge ter plaatste dateert uit 1845. Deze bevond zich in een gehuurde woning ‘ten oosten van het kanaal’ op de plaats van de latere als zodanig gebouwde synagoge. Vanaf 1850 ondernamen de Stadskanaalster joden herhaaldelijk pogingen om een synagoge te bouwen. Door onderlinge twisten en wanbestuur lukte dit niet.
Pas in 1860 was men in staat het gebouw aan te besteden. Op 7 september 1860 werd het gebouw ingewijd met een rede door de Veendammer godsdienstonderwijzer Jonas Levie Voorzanger uitgesproken rede. Na de oorlog was het gebouw in een dermate slechte staat dat alleen nog afbraak restte. Dat gebeurde in 1958.
Op de plaats van de synagoge bevindt zich nu een winkelcentrum. Nog tot 1964 hield men synagogediensten in de voormalige leraarswoning voor de oude synagoge.